HIS系统的当前需求和中、远期相结合的原则：系统需求是系统设计的基本依据，但由于各种客观条件的限制，系统的建设很难一步到位，同时新的需求会不断的提出，因此应该把长期的规划和现实的需求统一考虑，分步骤实施，以避免人力、物力和财力的重复投入和浪费。
系统集成环境的专用性和通用性原则：任何系统的建设总是具有一定的特殊要求，这是影响系统设计的因素之一。在目前高速发展的信息技术时代，若忽略通用性的考虑，系统将随着时间的推移及需求的变化而遭淘汰。
实现技术的先进性和实用性原则：在计算机技术高速发展的今天，能够满足某一要求的技术是各种各样的，是追求技术的先进性，还是完全从实用性角度去考虑，需要综合权衡，确保系统的合理性。
系统的稳定性和可扩充性原则：稳定性是衡量一个系统的重要标志。同时，当需求发生变化时，系统也必须具备一定的应变能力。
系统建设的标准化原则：技术的发展各有特点，但市场的要求将其推向一个标准化的规范之中，在当前系统的建设无论硬件产品的选择还是应用系统的开发，判断其对标准的遵循情况是一个重要的原则。
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