临床信息系统(Clinical Information System,CIS)的主要目标是支持医院医护人员的临床活动，收集和处理病人的临床医疗信息，丰富和积累临床医学知识，并提供临床咨询、辅助诊疗、辅助临床决策，提高医护人员的工作效率，为病人提供更多、更快、更好的服务。像医嘱处理系统、病人床边系统、医生工作站系统、实验室系统、药物咨询系统等就属于CIS范围。
临床信息系统CIS相对于医院信息系统HIS而言，是两个不同的概念。HIS是以处理人、财、物等信息为主的管理系统，CIS是以处理临床信息为主的管理系统。HIS是面向医院管理的，是以医院的人、财、物为中心，以重复性的事物处理为基本管理单元，以医院各级管理人员为服务对象，以实现医院信息化管理、提高医院管理效益为目的。而CIS是面向临床医疗管理的，是以病人为中心，以基予医学知识的医疗过程处理为基本管理单元，以医院的医务人员为服务对象，以提高医疗质量、实现医院最大效益为目的。
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