根据社区卫生服务建设的特点，社康管理系统包括两个业务层面：社区卫生服务机构功能、社区卫生管理功能。社区卫生服务机构这一层主要是社区卫生服务机构的日常业务开展和机构管理，包括：一般常见病、多发病诊疗，预防保健，居民健康档案的采集、记录，慢性病的管理、疫情报告，健康教育，计划生育技术指导等日常业务的功能操作；日常行政管理，社区服务中心对社区服务站的一体化管理，仓库、药品管理，人力资源管理，绩效管理；全科医生团队移动业务管理；系统提供开展业务所需要的输入、查询、报表打印等功能；安装应急系统和应急临时数据存储、数据管理、备份和数据交换等数据中心职能。市社区卫生数据中心承担全市社区卫生服务功能支持和所有数据的存储、备份、维护和系统升级及对外统一的数据交换，实现对全市社区卫生服务机构业务开展情况的监控、数据汇总、统计、分析和决策指挥。
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